O Instituto Superior Politécnico Alvorecer da Juventude é integrado por Unidades Orgânicas de Ensino e de Investigação estruturadas por áreas do saber que nos termos da lei, gozam de autonomia científica, pedagógica, administrativa e disciplinar.
A autonomia das Unidades Orgânicas deve ser exercida em harmonia com os interesses do Instituto e respeitando as decisões e orientações dos seus Órgãos de Gestão Executivos.